La riche collection de manuscrits réunie par Mazarin a été distraite de la succession du cardinal au profit de la Bibliothèque royale en 1668. À l'exception de quelques manuscrits acquis au XVIII^_e siècle par les bibliothécaires du Collège des Quatre-Nations, le fonds actuel de manuscrits médiévaux et modernes de la Bibliothèque Mazarine provient essentiellement des prélèvements opérés durant la période révolutionnaire par l'abbé Leblond dans les dépôts littéraires, notamment dans celui de Louis-la-Culture (rue Saint-Antoine), où la plupart des manuscrits issus des établissements religieux parisiens avaient été rassemblés. Depuis le XIX^_e siècle, des donations sont venues enrichir le fonds, essentiellement de papiers d'érudits (fonds Faugère, Thiébaut de Berneaud, Tastu, Lebrun, Demangeon-Perpillou, Laurain-Portemer...) mais également de manuscrits médiévaux et modernes (donation des héritiers de Julien Le Roy White, de Paul et Madeleine Faralicq, legs de la bibliothèque antillaise de Marcel Chatillon en 2003). Acquisitions et dons ponctuels continuent d'enrichir ce fonds exceptionnel. Des lettres du pape Léon (X^_e siècle) aux archives scientifiques contemporaines, près de 5 000 manuscrits sont aujourd'hui conservés à la Bibliothèque Mazarine et mis à la disposition des chercheurs.

Catalogues :

• Les manuscrits de la Bibliothèque Mazarine, catalogués une première fois au cours du XIX_^e siècle, ont fait l'objet dans les années 1880 d'une nouvelle description, avec attribution de nouvelles cotes, par Auguste Molinier (Catalogue des manuscrits de la Bibliothèque Mazarine, préface d'Alfred Franklin, Paris, Plon, 1885-1892, 4 volumes). Plusieurs suppléments ont ensuite été rédigés, le dernier par Pierre Gasnault en 1993.
• Aujourd'hui, la totalité des manuscrits de la Bibliothèque Mazarine est signalée et décrite dans Calames (Catalogue Accessible en Ligne des Archives et Manuscrits de l'Enseignement Supérieur). Les descriptions font l'objet d'une mise à jour régulière, notamment bibliographique, en lien avec les études scientifiques dont ces manuscrits font l'objet et les projets de mise en valeur des fonds. Elles permettent également l'accès en ligne aux fac-similés numériques disponibles.