L’Histoire locale et régionale de la France constitue un axe majeur de la politique documentaire de la Bibliothèque Mazarine. Celle-ci offre en effet, avec la Bibliothèque nationale de France, les collections les plus riches en publications de sociétés savantes françaises des XIXe-XXIe siècles. Mémoires, bulletins, annuaires, procès-verbaux, brochures et publications diverses, ces documents, qui témoignent d'une intense activité scientifique locale, connaissent souvent une faible diffusion éditoriale et sont d’autant plus précieux à conserver et valoriser. Pluridisciplinaires à l’image de nombreuses sociétés savantes du XIXe siècle, ces publications concernent principalement l’histoire et les sciences auxiliaires de l’histoire (archéologie, généalogie, héraldique, etc.). La volumétrie exacte du fonds d’histoire locale, considérable ne serait-ce qu’au vu des données chiffrées du dépôt légal moderne, reste difficile à évaluer. Ce n’est qu’à partir des années 1950 que les publications en série relevant de l’histoire locale font l’objet d’une cotation spécifique (SS, pour Sociétés Savantes). Les brochures, très nombreuses, étaient réunies, de manière systématique pour la seconde moitié du XIXe siècle, en recueils factices consacrés à une région particulière ou portant au dos la mention « Recueil de pièces – Histoire locale ».

C'est au cours du XIXe siècle que la Bibliothèque Mazarine a progressivement développé ce fonds, par dons et achats, mais également grâce aux dépôts du Ministère de l’Instruction publique. Elle devient une bibliothèque de référence dans ce domaine, à une époque qui constitue l’âge d’or des sociétés savantes, acteurs essentiels du monde de l’érudition que le Comité des travaux historiques, créé en 1834, a pour vocation de fédérer. La Bibliothèque assoit définitivement cette spécialité avec l’arrivée dans ses locaux, décidée par l’arrêté ministériel du 30 octobre 1879,  de la Bibliothèque des sociétés savantes, qui manquait de place sur le site du Ministère de l’Instruction publique. La Mazarine met à sa disposition deux pièces, l’une pour les sociétés savantes en région, l’autre pour les sociétés savantes parisiennes, mais n’accorde pas la troisième salle demandée qui aurait été dévolue aux publications des sociétés savantes étrangères. Les collections de la bibliothèque des sociétés savantes sont communiquées au public dans la salle de lecture de la Mazarine, signalées dans son catalogue et cotées jusqu’en 1886 selon le système en vigueur à la Mazarine. Sur le plan administratif, elle reste cependant rattachée directement au Ministère de l’Instruction publique, et dispose d'un responsable sur place, distinct du personnel de la Bibliothèque Mazarine. En 1881, cette fonction se voit confiée désormais à un conservateur, Armand Dartois, remplacé en 1884 par Lefèvre-Pontalis. L’arrêté de 1879 attribuait à la Mazarine les ouvrages généraux relatifs à l’histoire et à l’archéologie des provinces et des villes, offerts au Comité des travaux historiques ; mais la répartition des documents entre les deux établissements pose des problèmes croissants, au point qu’en 1888 Lefèvre-Pontalis se plaint auprès du Ministère d’un risque d’absorption par la Mazarine, qu’il accuse de détourner une partie des collections destinées à sa bibliothèque. Le Ministère décide alors en novembre 1888 le transfert de la bibliothèque des sociétés savantes rue de Richelieu, dans les locaux de la Bibliothèque nationale, sous la responsabilité de Léopold Delisle.

Cependant, la Bibliothèque Mazarine poursuit l’enrichissement de son fonds, notamment par l’incorporation de doubles de publications de sociétés savantes issus des collections de la Bibliothèque nationale en 1889. Suite au vote de la loi du 19 mai 1925, qui institue le principe du double dépôt légal (imprimeur et éditeur), la Mazarine se voit attribuer un exemplaire du dépôt légal imprimeur des ouvrages se rapportant à l’histoire locale et appartenant à des collections dont elle conserve déjà la tête. Les modalités d’attribution évoluent ensuite quelque peu avec la redistribution des exemplaires du dépôt légal éditeur, mais la bibliothèque conserve sans interruption la thématique « Histoire locale et régionale de la France ». Les publications de sociétés savantes représentent jusqu’à aujourd’hui le coeur de ce fonds, mais les difficultés croissantes de certaines sociétés et, conjointement, la multiplication des associations oeuvrant dans le domaine de la conservation et de la valorisation du patrimoine local, amènent depuis une vingtaine d’années à une diversification des publications concernées.

Depuis 2006, la réduction à deux du nombre d’exemplaires déposés par les éditeurs entraîne une forte diminution des monographies attribuées à la Bibliothèque Mazarine au titre du dépôt légal, contrairement aux périodiques dont le nombre de titres continue de s’accroître, même si leur tirage fluctuant et leur dépôt irrégulier aboutissent à des collections trop souvent lacunaires, tant à la Bibliothèque nationale de France qu’à la Bibliothèque Mazarine. La fin annoncée de la redistribution du deuxième exemplaire du dépôt légal éditeur fin 2014 pose la question de l’avenir de ce fonds, qui constitue aujourd'hui l'un des ensembles documentaires les plus sollicités à la Bibliothèque Mazarine.

Une partie du fonds a été numérisée et est accessible depuis la Bibliothèque numérique.