Prosper Faugère (1810-1887) a fait toute sa carrière administrative au Ministère des Affaires étrangères, dont il a été le directeur des Archives et des Chancelleries de 1866 à 1880. Historien et homme de lettres, il s'est principalement consacré à l'étude de la vie et de l'œuvre de Blaise Pascal. Il a notamment publié en 1844 ce qui doit être considéré comme la première édition scientifique des Pensées. A la veille de sa mort, il édita également les Provinciales. En 1899 sa veuve, Marie-Héloïse Garnon décèdait. Par testament, elle avait légué au ministère des Affaires étrangères la majeure partie des volumes ayant composé la bibliothèque de son mari, mais réservé à la Bibliothèque Mazarine "les éditions des Pensées de Pascal et des Provinciales, ainsi que les volumes imprimés, les manuscrits, copies de manuscrits et lettres autographes concernant Pascal et Port-Royal".  Le legs fut accepté en 1902.

Le fonds comprend environ 250  imprimés et une trentaine de volumes manuscrits. Parmi ces derniers se trouvent les précieux recueils de Saint-Jean d’Angély. Ils rassemblent plusieurs centaines de pièces provenant de Pascal, transmises par l’intermédiaire de son beau-frère Florin Périer à sa sœur Marguerite Périer, puis au prieur de Saint-Jean d’Angély et enfin au Grand séminaire de La Rochelle, duquel vraisemblablement Prosper Faugère en fit l'acquisition. Par l'intermédiaire des Périer nous sont également parvenus les manuscrits des Pensées, passées ensuite à l'abbaye Saint-Germain-des-Prés puis à la Bibliothèque nationale. Le fonds Faugère comprend également quelques objets, dont un portrait de Pascal et sa tabatière.

Il complète, à la Mazarine, un exceptionnel ensemble de ressources, tant imprimées que manuscrites, pour l'histoire du jansénisme.